Lực lượng phòng vệ bờ biển Nhật tổ chức một chuyến đi mạo hiểm trên chiếc tàu chiến mới xuất xưởng Aegis của họ, chuyến đi mà Conan và các thành viên được tham gia. Tuy nhiên, đang giữa cuộc hành trình, sau khi một thành viên của tàu bị chết và một trái bom được tìm thấy thì một âm mưu phá hoại, đe dọa ảnh hưởng Nhật Bản hết sức nghiêm trọng đã bắt đầu.

Trên tàu đang có một điệp viên ngầm X mà tông tích của hắn ta nhất định cần phải được tìm ra. Ran cũng bị rơi vào tình thế rất nguy hiểm, còn Conan thì lo đã mắc phải một sai lầm trong suy đoán. Nhìn chung, đó là cuộc giằng co nghẹt thở giữa tên điệp viên chưa bị lộ và Conan.