Phim Người Nhện Siêu Đẳng đưa Người Nhện trở về thời kỳ tuổi teen – khi Peter Parker còn là một cậu học sinh cấp ba hiếu động. Cha mẹ biến mất một cách bí ấn từ khi còn nhỏ, Peter lớn lên trong tình yêu thương của hai người bác Ben và May. Khi lớn lên, Peter đã bộc lộ năng khiếu khoa học thừa hưởng ở cha. Một ngày nọ, anh chàng tìm thấy chiếc cặp sách bí ẩn mà cha để lại. Cuộc gặp gỡ tình cờ với cộng sự cũ của cha – tiến sĩ Curt Connors – cũng mở ra một cuộc sống mới cho Peter là trở thành Người Nhện có sức mạnh phi thường…